次界への旅を続けるヤマト王子、天使男ジャック、十字架天使の３人は、ヤマト王子の故郷である聖動源にたどりついた。しかし次元トンネルを抜けた３人が見たのは、不気味な緑の雪に覆われた世界だった。雪を割って現れた巨大な悪魔・八魔オロチにヤマト王子は苦戦。あきらめかけたその時、シャーマンカーンが現れる。ヤマト王子はシャーマンカーンの大聖旗の光に包まれてその場を逃れ、はるか昔の源層期の時代へと飛ばされる。源層期の表層界はシャーマンカーンと始祖ジュラという二人の指導者によってまとめられ、天使と悪魔とお守りが仲良く平和に暮らしていた。しかしある時、聖神ナディアによってシャーマンカーンには光の子スーパーゼウスが、始祖ジュラにはブラックゼウスが授けられた。そのことが表層界を二分する第一次聖魔大戦を引き起こすことになるのである。源層期を旅するヤマト王子は元の時代に戻り、八魔オロチを倒して故郷を元に戻すことができるのだろうか？